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• Baisse de la durée maximale d’indemnisation pour les ALD non exonérantes

Publié au JORF du 18 septembre 2026, le décret n°2026-866 du 16 septembre 2026 vient réduire la durée d’indemnisation des arrêts de travail pour certaines affections nécessitant un arrêt de travail de longue durée.

Jusqu’à présent, pour toutes les affections de longue durée (ALD), les indemnités journalières en cas d’arrêt de travail pouvaient être versées pendant une durée maximale de 3 ans. Pour pouvoir bénéficier d’une nouvelle période d’indemnisation au titre de la même maladie, l’assuré devait avoir repris son travail pendant au moins 1 an.

Désormais, une distinction est opérée selon que l'assuré est atteint d’une ALD prise en charge ou non à 100% par l'Assurance maladie (ALD exonérante ou ALD non exonérante) :

• Pour les assurés atteints d’une ALD non exonérante, les indemnités journalières en cas d’arrêt de travail pourront être versées pendant 1 an maximum.
• Pour les assurés atteints d’une ALD exonérante, les indemnités journalières en cas d’arrêt de travail restent versées pendant 3 ans maximum.

Dans les deux situations, la reprise d’activité nécessaire pour rouvrir un nouveau délai d’indemnisation reste fixée à 1 an.

Entrée en vigueur : les nouvelles règles d’indemnisation s’appliquent :

• Aux arrêts de travail prescrits à partir du 15 octobre 2026.
• Aux arrêts de travail en cours qui atteignent une durée de 6 mois à compter du 15 octobre 2026.
• Les assurés déjà en arrêt depuis plus de 6 mois au 15 octobre 2026 restent soumis aux anciennes règles et peuvent être indemnisés pendant 3 ans maximum.

Cette réforme est susceptible d'avoir des conséquences sur la prise en charge des arrêts de travail des agents publics atteints d'une ALD non exonérante :

• Pour les agents publics relevant du régime général de sécurité sociale (agents contractuels, fonctionnaires IRCANTEC) : en cas de congé de grave maladie (CGM) dépassant un an, il n’y aura plus d’indemnités journalières qui viennent en déduction du maintien de rémunération de l’employeur.

• Pour les fonctionnaires du régime spécial : en cas de placement en disponibilité d’office pour raison de santé (DORS) après épuisement des droits à congé de maladie ordinaire (CMO), il n’y aura plus de versement d’indemnités de coordination versées par l’employeur. À défaut, comme c’est déjà le cas après un congé de longue maladie (CLM) ou de longue durée (CLD), l’agent qui en remplit les conditions pourra bénéficier soit d’une allocation d’invalidité temporaire (AIT) soit d’allocations de retour à l’emploi (ARE).

• Sanction en cas d’arrêt de travail non justifié

Le décret n°2026-866 prévoit aussi la possibilité de pénaliser financièrement un assuré qui abuse de sa qualité d’assuré social en vue d’obtenir de manière injustifiée une « prescription d’arrêt de travail » sans lien avec son état de santé.

Entrée en vigueur : le 19 septembre 2026.

Pour aller plus loin :